污水中的污染物分為溶解性有機物和非溶解性物質（即SS），溶解性有機物在一定條件下，可以轉化為非溶液解性物質，養殖廢水厭氧生化處理設備的工作原理是加入混凝劑和絮凝劑使大部分溶解性有機物轉化為非溶解性物質，再將全部或大部分非溶液解性物質（即SS）去除，以達到凈化污水的目的。